Τα πεπτικά ένζυμα είναι πρωτεΐνες με εξειδικευμένη δράση που υδρολύουν  (διασπούν προσθέτοντας νερό) μεγάλα μόρια, όπως είναι οι υδατάνθρακες, τα λίπη και οι πρωτεΐνες, καθιστώντας τα έτσι εύπεπτα, ενώ ελευθερώνουν πολύτιμα για τον οργανισμό μέταλλα και βιταμίνες.Η ανεπάρκεια κάποιου πεπτικού ένζυμου μπορεί να προκαλέσει κακή πέψη και κακή απορρόφηση θρεπτικών συστατικών, με αποτέλεσμα ενοχλήσεις και προβλήματα υγείας.

Τα ενδογενώς παραγόμενα πεπτικά ένζυμα βρίσκονται στα πεπτικά υγρά, ενώ μεγάλης σημασίας είναι και τα ένζυμα που λαμβάνονται δια της τροφής, κυρίως με τα φρέσκα φρούτα και λαχανικά. Βιομηχανικώς τα ένζυμα λαμβάνονται από φυσικές ή ζωικές πηγές  ή από μικροοργανισμούς. Η θέρμανση (ακόμη και η παστερίωση) καταστρέφει τα πεπτικά ένζυμα.

Αμυλάση. Πεπτικό ένζυμο που διασπά το άμυλο και το γλυκογόνο. Η ενδογενής αμυλάση βρίσκεται στο σάλιο (πτυαλίνη) και στο παγκρεατικό υγρό.

Λιπάση. Διασπά λίπη. Η ανεπάρκειά της οδηγεί σε μειωμένη απορρόφηση των λιποδιαλυτών βιταμινών.

Λακτάση. Διασπά το δισακχαρίτη λακτόζη (ένα μόριο γλυκόζης και ένα μόριο γαλακτόζης) που βρίσκονται στο γάλα. Ανεπάρκεια λακτάσης οδηγεί σε ελλιπή διάσπαση της λακτόζης και σε ανεπαρκή απορρόφησή της με αποτέλεσμα να διασπάται από τα βακτήρια του παχέος εντέρου παράγοντας αέρια και ερεθιστικές ενώσεις. Τα συμπτώματα περιλαμβάνουν κοιλιακές κράμπες, διάρροια και φούσκωμα.

Πρωτεάση (Πρωτεϊνάση, Πεπτιδάση, Πρωτεολυτικό ένζυμο). Διασπά της πρωτεΐνες σε πεπτίδια και αμινοξέα. Ανεπάρκεια πρωτεάσης μπορεί να οδηγήσει σε ανεπαρκή διάσπαση και πέψη των πρωτεϊνών, με αποτέλεσμα διάφορα προβλήματα, μεταξύ των οποίων αλλεργίες και τοξίκωση  από τη διάσπαση των πεπτικών πρωτεϊνών από βακτήρια.

Διαστάση. Μίγμα ενζύμων που προέρχονται από τη βύνη και διασπούν το άμυλο. Χρησιμοποιείται στην αντιμετώπιση της δυσπεψίας σε άτομα με προβλήματα πέψης του αμύλου.

Φωσφατάση. Ένζυμο που διασπά ενώσεις του φωσφόρου. Πολύ σημαντικό για την εναπόθεση μετάλλων στα οστά.

Μαλτάση. Συνεχίζει τη δράση της αμυλάσης, διασπώντας το δισακχαρίτη μαλτόζη σε δύο μόρια γλυκόζης για παραγωγή ενέργειας. Ανεπάρκεια μαλτάσης επιφέρει μεγαλύτερο φόρτο εργασίας στο πάγκρεας και το λεπτό έντερο οδηγεί σε ενδεχόμενη διάρροια, κ.ά.